היה ביופיזיקאי ונשיאהּ הרביעי של מדינת ישראל. חתן פרס ישראל, זוכה פרס רוטשילד, פרס ויצמן, פרס טשרניחובסקי ופרס יפן על עבודותיו המדעיות. כיהן כמפקד הראשון של חיל המדע, כיהן כמדען הראשי במשרד הביטחון, הקים את המחלקה לביופיזיקה במכון ויצמן למדע ועמד בראשה.
אפרים קצ'לסקי (לימים קציר) נולד בקייב, אוקראינה. משפחתו עלתה לארץ כשהיה בן תשע, בשנת 1925.
ילדותו ותקופת נעוריו עברו עליו בירושלים, בשנות המנדט הבריטי. הוא למד ב"גימנסיה העברית", שעם מקימיה ועם מוריה הראשונים נמנו הנשיא השני יצחק בן-צבי ואשתו רחל ינאית בן-צבי. בגיל 16 התגייס קציר ל"הגנה" ובהמשך עבר קורס מפקדי מחלקה. זו תחילת הקריירה הביטחונית שלו, שאליה עתיד לחזור בהמשך.
בשנת 1933 החל בקריירה האקדמית כסטודנט באוניברסיטה העברית הצעירה. קציר הלך בעקבות אחיו אהרון קציר, שלימים היה לפרופסור בעל שם עולמי במכון ויצמן, ונרצח על ידי מחבל יפני בנמל התעופה לוד בשנת 1972. האוניברסיטה מנתה אז כמה עשרות מורים וכ-500 תלמידים. רוב המורים והחוקרים הגיעו ממרכז אירופה, וקציר השתלב באווירת הראשוניות וביצירה של מחקר מדעי ייחודי בארץ ישראל המתחדשת.
תחום מחקריו היה כימיה ובעיקר חלבונים ואנזימים.
בשנת 1948, בעיצומה של מלחמת העצמאות, פנה אליו ראש הממשלה הראשון דוד בן-גוריון להקים את חיל המדע של צה"ל. תפקידו היה לרכז את כל הידע המדעי לייצור התחמושת ולפתחו. קציר ראה בהקמת חיל המדע את תרומתו החשובה ביותר לביטחון המדינה.
בשנים 1950 עד 1966 כיהן קציר כראש המחלקה לביופיזיקה במכון ויצמן למדע ברחובות. עבודתו המדעית זכתה להערכה רבה. בשנת 1950 זכה בפרס ויצמן למדע מטעם עיריית תל אביב. בשנת 1959 קיבל במשותף עם תלמידו מיכאל סלע את פרס ישראל למדעי החיים. בשנת 1960 נבחר קציר לחבר האקדמיה הלאומית הישראלית למדעים. בשנת 1961 הוענק לו פרס רוטשילד, על תרומתו בפיתוח של אנזימים מקובעים.
בשנים 1969-1966 נקרא קציר פעם נוספת לתרום לביטחון המדינה, כאשר מונה למדען הראשי במשרד הביטחון. תפקיד זה היה מעין המשך לחיל המדע של צה"ל, שכלל ריכוז כל האמצעים והתקציבים למחקר ולפיתוח ביטחוניים. בשנים שחלפו מאז הקמת המדינה בעקבות הצורך לפתח נשק ישראלי, הוקמו בישראל מפעלים לייצור של נשק ואמצעי לחימה, שקיימים עד היום, ברפא"ל (רשות פיתוח אמצעי לחימה), בתעשייה הצבאית (תעש) ובתעשייה האווירית. תפקידו של המדען הראשי היה לתאם, לבקר ולהשיג תקציבים נוספים לייצור אמצעי הלחימה. במקביל לתפקיד המדען הראשי, כיהן קציר כראש הוועדה לקידום החינוך המדעי, שבמסגרתה הוקמו הקבוצות הראשונות של "נוער שוחר מדע" באוניברסיטאות ובטכניון.
במאי 1973 נבחר אפרים קצ'לסקי לנשיא הרביעי של מדינת ישראל, וכיהן בתפקידו עד שנת 1978. בעת היבחרו שינה את שם משפחתו לקציר, כפי שעשה אחיו אהרון. בנאום ההכתרה שלו אמר: "מי ייתן ויעלה בידי ללכת בדרך קודמיי וכמוהם להרים קרן ישראל, לעצב מוסד הנשיאות לסמל המלכד את האומה וערכיה הנעלים, אשר גובשו במשך הדורות, ואשר מתהווים ומתחדשים בימינו".
חמישה חודשים לאחר בחירתו, באוקטובר 1973, פרצה מלחמת יום כיפור, שבה תקפו מצרים וסוריה את ישראל במתואם בסיני ובגולן. הייתה זו מלחמה קשה ביותר. כ-2,700 חיילים נפלו במלחמה זו, ובימיה הראשונים ספג צה"ל מכות קשות עד שהתאושש, הדף את צבאות האויב, ועל הצדדים נכפתה הפסקת אש מטעם האו"ם. קציר הרבה לבקר את הפצועים בבתי החולים ובבתי המשפחות השכולות. הוא תמך בראש הממשלה גולדה מאיר בשעתה הקשה ביותר.
בתקופת כהונתו אירע אחד האירועים החשובים בתולדות מדינת ישראל: ביקורו של הנשיא סאדאת בישראל בשנת 1977, שהיה אורחו הרשמי של הנשיא קציר. ביקור זה סלל את הדרך להסכם השלום הראשון של ישראל עם מדינה ערבית - מצרים. לאחר סיום כהונתו כנשיא המדינה בשנת 1978 המשיך קציר בעבודתו המדעית. כמו כן מילא תפקידים ציבוריים, ובהם: נשיא ארגון חברי ה"הגנה" ונשיא המועצה לשימור אתרים.
אפרים קציר נפטר בביתו ברחובות בשנת תשס"ט (2009), ונקבר לצד רעייתו נינה בבית הקברות בעיר.